En la ciudad se movían políticos y otras entidades, se creó una plataforma de aficionados para la salvación del club, y cuando todo se veía muy negro llegó la mano salvadora de Francisco Gómez Hernández. Se juega de nuevo en el grupo III de 2.ª B. A su llegada hace cambios significativos, como son el escudo y el nombre del club, ambos a semejanza del histórico Cartagena FC para acercar el club a la ciudad de Cartagena. Nada más comenzar la segunda vuelta de la liga, y con motivo del mal juego del equipo y su mala relación con algunos jugadores, el entrenador Fabri es relevado en el banquillo por el ex-internacional español y entrenador canario Paco Jémez quien clasifica al equipo para los play-off de ascenso como campeón de grupo. Juan Francisco Alcoy arrancó la temporada en el banquillo manteniendo un buen equilibrio de puntos pero el juego no era nada vistoso y esto le costó el puesto en una decisión polémica.
La temporada fue muy irregular, Felipe Mesones se sentó en el banquillo para dirigir el equipo hasta su destitución para ser sustituido por José Ramón Corchado. El equipo cartagenerista comienza la temporada 2010/2011 en la división de plata con una contundente victoria de 1-4 ante el recién descendido Xerez, camiseta ajax que lo posiciona líder junto al Betis. Tras una victoria por 1-2 en el Estadio Nuevo Arcángel de Córdoba frente al Córdoba CF en la jornada 39, el FC Cartagena se situó a falta de tres jornadas para la finalización de la liga, empatado a puntos con el Real Betis y con el Hércules CF en puestos de ascenso, en la pugna por ascender a Primera División. Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División.
La temporada 2003-2004 es la primera de Francisco Gómez Hernández al frente del club. La temporada 2007-2008 significa el declive del gran proyecto de ascenso gestado tres años antes. A falta de 5 jornadas para la finalización de la Liga Adelante (Segunda División), el Cartagena se encontraba en posición de ascenso a la Primera División. Sin embargo, una posterior racha de victorias consecutivas acompañadas de un fútbol ofensivo que disfrutabamos cada vez más seguido, llevó al equipo a optar por los puestos de play-off de ascenso, un objetivo al que se llegó a estar muy cerca en la jornada 31 a tan solo 3 puntos del 4.ª por aquel entonces el Ceuta y a 4 puntos del 3.ª. Las últimas jornadas del campeonato dejaron sin opciones al F. C. Cartagena, finalizando el campeonato en 8.ª posición. Las reglas no especifican ninguna otra posición de los jugadores aparte de la del guardameta, portero o arquero, pero con el paso del tiempo se han desarrollado una serie de posiciones en el resto del campo.
Luis Oliver Albesa aterriza en Cartagena tras haber fracasado en su proyecto de ascender al Xerez CD a Primera División, y lo hace prometiendo el ascenso inmediato y formando una gran plantilla. Al llegar al parón invernal, y tras 17 jornadas disputadas (15 de ellas en ascenso), el FC Cartagena acabó el año 2009 en puestos de ascenso a Primera División tras su victoria por 1-2 en el estadio Ciutat de Valencia del Levante UD. Al término de la primera vuelta y tras empatar 0-0 en el estadio Carlos Belmonte del Albacete Balompié el conjunto cartagenero finalizó la misma en puestos de ascenso a Primera división, puesto que ostentó durante 18 jornadas. Vicente Carlos Campillo y Juan Francisco Alcoy aumentaron la nómina de entrenadores de esta temporada, pero el equipo seguía un rumbo irregular. En ella destacaban jugadores como el portero y capitán Roberto Rojas, defensas como Fernando Astengo y Lizardo Garrido, volantes como Jaime Pizarro, Héctor Puebla, Jorge Contreras y Jorge Aravena; más delanteros como Juan Carlos Letelier, Ivo Basay, Iván Zamorano, Hugo Rubio y Patricio Yáñez, entre otros. En la temporada 2004-2005, el F. C. Cartagena vuelve a jugar en el grupo IV de 2.ª B. Pep Balaguer inicia la temporada como entrenador, pero pronto sería destituido por los malos resultados.
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