En la temporada 2009-2010, se destacó nítidamente en la Bundesliga, camisetas napoli siendo considerado 4 veces en el once ideal y anotando 16 goles en 26 partidos. Cuando él no podía estar en el once inicial, era una ventaja muy grande para los rivales. A seis jornadas del final, el Bayern sacó 20 puntos de ventaja sobre el Borussia Dortmund que fue segundo, ganador de las dos últimas ediciones, y que se impuso al FC Augsburgo por 4-2. Claudio Pizarro y Carlos Zambrano se volvieron a ver las caras. Terminó el campeonato como tercer goleador con 15 dianas, a seis de Giovane Élber y Thomas Christiansen. FC Twente se convirtió en el máximo goleador de la UEFA Europa League 2009-10, con 9 goles anotados en solo 8 partidos, superando en promedio al paraguayo Óscar Cardozo, que también anotó 9 goles pero en 12 partidos jugados, convirtiéndose así en el primer futbolista peruano en obtener este galardón. El 6 de marzo de 2011, anotó su gol 138 en el fútbol alemán, en la victoria del Werder Bremen ante el Friburgo; superando así al famoso goleador alemán Uwe Seeler en el ranquin de los goleadores históricos de la Bundesliga.
La final la jugó contra el F. C. Barcelona por tercera vez y de nuevo volvió a salir derrotado, en este caso por 1-3; Iñaki Williams marcó el gol de la honra para los bilbaínos. Los medios indicaban que el Real Madrid y el F. C. Barcelona de España; el Inter de Milán, de Italia y el Borussia Dortmund, se encontraban en la carrera para contratar a Pizarro. Más tarde recibió buenas críticas por su papel en el Barcelona 6-1 Paris Saint-Germain en la Champions League por recibir una falta crucial de Marco Verratti en la mitad de la oposición, lo que llevó al crucial gol de la victoria en el minuto 94 que mantuvo al Barcelona en la búsqueda de la Champions League. Claudio Pizarro se erigió partido a partido en uno de los goleadores del torneo alemán, en la temporada 2005/2006 le dio el título de la copa de Alemania, ante el Eintracht Frankfurt, al marcar un gol en la final a la salida de un córner, con lo cual el bayern lograría un doblete consecutivo algo histórico para el fútbol alemán. Así, culminada la temporada Pizarro, también llamado «Pizagol», obtuvo los siguientes títulos de la mano del Bayern de Múnich: campeón nacional alemán 2002/2003 en la Bundesliga de la Primera División y en la Copa Alemana, así como la clasificación a la Liga de Campeones 2003/2004, la misma que jugaría por tercera vez.
Su actuación en el equipo alemán dio un saldo positivo al marcar 17 goles en 26 partidos jugados. Uno de esos goles fue un excelente lanzamiento de falta contra Alianza Lima, que llamó la atención de la dirección del club. A principios del 2013, el 7 de enero estuvo en la Tuttur Cup en el cual constaba de un cuadrangular, en el que Werder Bremen derrotó a Trabzonspor con un 2-0 con goles de Aaron Hunt y Nils Petersen, y así avanzó a la final la cual ganó contra el VfL Wolfsburgo con un marcador de 2-1 con goles de Marko Arnautović y Felix Kroos. La enemistad se estableció en la década de los 70 con enfrentamientos como el de la final de la FA Cup que terminó siendo para el Chelsea tras dos encuentros de desempate. El equipo no volvió a triunfar en la liga, pero sí consiguió volver a ganar la Copa de Polonia y la Supercopa en 1997. El club, que tampoco cosechó grandes éxitos en competiciones europeas, cerró así la década de 1990 con un balance de ocho títulos oficiales. Finalizada la Guerra Civil, sin embargo, el Real Madrid atravesó una importante sequía de títulos. Se ubica segundo en cantidad de títulos de liga con 27 y en títulos de la Copa de Portugal con 16, en ambos casos por detrás de Benfica.
En la Copa Merconorte, Claudio marcó dos goles contra el club boliviano The Strongest. Gracias a la buena campaña realizada, Claudio fue considerado el jugador revelación de la temporada. El 15 de mayo de 2012, Klaus Allofs, director deportivo del Werder Bremen, anunció que el delantero no seguirá en el club la próxima temporada por decisión propia del jugador al no renovar contrato. Pizarro más tarde rechazó una extensión de contrato ofrecida por el presidente del Bayern, Franz Beckenbauer, exigiendo un aumento de salario que enfureció a Karl-Heinz Rummenigge, quien fue citado diciendo que «Cualquier persona que quiera ganar tanto como Shevchenko, es mejor que empiece a jugar como Shevchenko». Después de la salida del técnico portugués José Mourinho, Pizarro casi no pudo jugar dado que el técnico de origen israelita Avram Grant lo puso muy poco, incluso fue sustituido en la lista de la Champions por Anelka, quien a su vez falló el decisivo penal en la final de la Champions ante el Manchester United. El equipo caería eliminado, pero demostrando ser un equipo compacto ante la adversidad de un conjunto de la Primera División, a pesar de las dos goleadas sufridas (1-4 en la ida, adelantándose en el marcador y 3-0 en la vuelta, disputada en el Camp Nou).
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